1926年，北伐战争爆发，吉鸿昌率领部队参加了北伐军，在河南、湖北一带与吴佩孚的部队作战。

在攻打信阳的战斗中，吴佩孚的部队凭借着坚固的城墙负隅顽抗，北伐军打了几天都没打下来。

吉鸿昌主动请战，带着一支敢死队，趁着夜色从城墙的排水道爬进城里，里应外合，终于把信阳攻了下来。战后，他被提拔为团长，还受到了北伐军总部的嘉奖。

1927年，蒋介石发动“四一二”反革命政变，大肆屠杀Gc党员和进步人士。

吉鸿昌得知后，气得大骂：“蒋介石这是背叛革命！咱们北伐是为了打倒军阀，不是为了让他当独裁者！”

当时，不少西北军的将领都投靠了蒋介石，有人劝吉鸿昌也投靠蒋介石，说这样能升官发财。

吉鸿昌却坚定地说：“我吉鸿昌不当叛徒，也不做独裁者的走狗！谁要是危害老百姓，谁就是我的敌人！”

从那以后，吉鸿昌就和蒋介石结下了梁子，也成了蒋介石眼里的“刺头”。

1929年，吉鸿昌被任命为第三十师师长，驻防河南信阳。在信阳期间，他做了不少好事：他下令废除了苛捐杂税，减轻老百姓的负担；他创办了军官学校，培养有进步思想的军官；他还秘密接触Gc党的地下党员，阅读马克思主义的书籍，对Hc党的主张有了更深入的了解。

有一次，Gc党领导的农民运动遭到G民党特务的镇压，吉鸿昌暗中派人保护农民领袖，还送给他们一批武器，帮助他们开展斗争。

1930年，中原大战爆发，冯玉祥、阎锡山、李宗仁联合起来反蒋，吉鸿昌率领第三十师参加了反蒋战争。

在战争中，他多次拒绝执行冯玉祥下达的“屠村”命令——当时有些地方的老百姓不愿意给军队提供粮食，冯玉祥就下令要“杀鸡儆猴”。

吉鸿昌却对士兵们说：“老百姓也不容易，他们要是有粮食，怎么会不给咱们？咱们不能伤害老百姓。”他还亲自去跟老百姓沟通，向他们解释反蒋的意义，不少老百姓被他感动，主动给部队送粮食。

可中原大战最终以反蒋联军的失败而告终，冯玉祥的西北军解体，吉鸿昌的第三十师被蒋介石收编。